21 октября 1941 г., после оккупации немецкими войсками всей территории Эстонии, немецким командованием добровольческие батальоны «Омакайтсе» были переформированы в уездные территориальные полки и было организовано Главное yправление под руководством прибывшего с германскими войсками тогда полковника, ныне генерал-майора Соодла.

Главное управление «Омакайтсе» было подчинено в оперативном отношении немецкому командованию тыла (комендатура тыла Эльве) и по неоперативным вопросам — Эстонскому самоуправлению, непосредственно доктору Мяэ.

Командование тыла определяло практическую деятельность «Омакайтсе» в общем и руководило учебой. Эстонское самоуправление упорядочивало хозяйственные вопросы и штаты.

В уездах каждый полк подчинялся во всех отношениях непосредственно немецкому полевому коменданту.

Полки «Омакайтсе» дислоцировались территориально по уездам, границы которых были и границами действий полков, границы же действия полевых немецких комендантов распространялись на несколько уездов и не согласовывались с административными границами, следовательно, одному полевому немецкому коменданту было подчинено, обыкновенно несколько территориальных полков «Омакайтсе».