На основании приказания командира немецкой охранной дивизии (Сихерунгс-дивизион) № 207 от 6 января 1942 г. за № 7/42 части эстонского «Омакайтсе» начиная с 10 января 1942 г. во всех отношениях введены в подчинение полицейским органам Гражданского управления. В смысле подчинения и получения приказов и распоряжений был непосредственным начальником «Омакайтсе» командир немецкой полиции порядка полицейский подполковник Шаллерт, а с лета 1942 г. полицейский полковник фон Таден (командир полиции порядка при руководителе СС и полиции в Эстонии). Полученный от последнего приказания и распоряжения проводились в жизнь через управление полиции и «Омакайтсе». С этого времени можно считать и центральное руководство «Омакайтсе».

В связи с переходом на новый порядок подчинения состоялось 14 января 1942 г. в Таллине в Зеленом зале «Эстонии» собрание префектов и руководителей «Омакайтсе», на котором командир немецкой полиции порядка полицейский подполковник Шаллерт дал инструкции для организации и дальнейшей деятельности «Омакайтсе».

Образовавшаяся к 1 января 1942 г. структура и состав «Омакайтсе» оставались в силе до 1 марта 1942 г. Так как они были сформированы руководителями «Омакайтсе» начиная с 1941 г. и утверждены или одобрены местными немецкими военными начальниками, то Управление полиции и «Омакайтсе» приняло их временно как основу при денежных издержках. Новые штаты были, однако, утверждены директором внутренних дел О. Ангелусом 21 января 1942 г., но те считали действительными лишь считая с 1 марта 1942 г.