Во время русско – турецкой войны 1877–1878 годов В. В. Марковников развил исключительно интенсивную деятельность по организации санитарной помощи действующей армии. В. В. Марковников работал над составлением «Инструкции для дезинфекции госпиталей, санитарных поездов и полей сражения». В июле 1877 года В. В. Марковников был командирован в Румынию и за Дунай для организации дела дезинфекции.