1999
20 февраля – между США и Литвой подписано соглашение о размещении в Вильнюсе отделения ФБР.
25 февраля – в Израиле создан специальный орган – Совет национальной безопасности Израиля (СНБ).
29 марта – указом Президента РФ В.В. Путин назначен секретарем Совета безопасности России при сохранении обязанностей директора ФСБ.
10 апреля – органами ФСБ пресечена разведывательная деятельность на территории РФ коммерсанта и гражданина Турции Бешика Мехмета Бахри.
21 апреля – в Пскове органами ФСБ при получении от военнослужащего российской армии секретной информации задержан гражданин Эстонской Республики Калачев.
12 мая – бывший английский разведчик Ричард Томлинсон опубликовал в сети Интернет список 116 известных ему кадровых сотрудников британской внешней разведки.
9 августа – директором ФСБ назначен Николай Патрушев.
10 сентября – в резиденции посла США в Москве в Спасо-Хаузе состоялось рассмотрение меморандума о сотрудничестве между спецслужбами России и США в области борьбы с наркотиками.
11 сентября – лондонская «Таймс», ссылаясь на «Архив Митрохина», на первой полосе газеты поместила фотографию 87-летнего агента советской разведки Мелиты Норвуд, которая сотрудничала с НКВД, ГРУ и КГБ с 1937 по 1972 год.
29 ноября – в Москве в районе метро «Измайловская» сотрудниками ФСБ задержана работавшая под дипломатическим прикрытием 2-го секретаря политического отдела посольства США сотрудница ЦРУ Черри Либернайт, у которой изъята «подробная карта места встречи с агентом, специальная аппаратура для обнаружения переговоров службы наружного наблюдения и средства тайнописи».
15 декабря – директором Секретной службы Министерства финансов США назначен 51-летний ветеран вьетнамской войны Брайан Л. Стаффорд.
16 декабря – в Москве осужден бывший заместитель руководителя Первого Азиатского департамента МИД России В. Моисеев, который в течение ряда лет сотрудничал с южнокорейской разведкой, передавая ей сведения, составляющие государственную тайну.