Святилище богини Ямуны в Ямунотри открыто с мая до второго дня фестиваля Дивали в ноябре (ежедн. 6.00–20.00). Оно много раз перестраивалось: тяжелые зимние снега и муссонные дожди разрушали его. В святилище содержится идол богини Ямуны из черного мрамора. Белый идол – это богиня Ганга. Снаружи святилища находится черная скала, называемая Дивья Шила (Divya Shila), из которой течет очень горячая вода, считающаяся благословением ее отца бога Солнца – Сурьи.

Согласно послеведийской мифологии, Ямуна – дочь бога Солнца Сурьи (Surya) и Санджны (Sanjna), а также сестра-близнец бога смерти Ямы. По легенде, мать близнецов не могла терпеть жара Солнца и создала для себя двойника – Чхаю (Chhaya). Однажды Яма пнул ее ногой, за что Чхая прокляла его, сказав, что нога сгниет и отвалится. Сурья удивился, что мать так обозлилась на своего ребенка, но выяснилось, что Чхая – не настоящая мать. Сестра Ямуна, чтобы спасти брата, спустилась на землю и подвижничеством освободила Яму от проклятия. Яма в благодарность наделил ее даром избавления от преждевременной и мучительной смерти тех, кто поклоняется Ямуне и совершает омовения в ее водах.

Непосредственным истоком Ямуны считается ледник Чампасар (Champasar Glacier) около озера Саптариши Кунд (Saptarishi Kund, букв. «Пруд Семи Риши»). К нему можно добраться по трудному

12-километровому треку, который идет прямо в гору вдоль реки, а затем спускается к подножию горы Калинда Парбат (Kalinda Parbat). Путешествие по треку требует, по меньшей мере, одного дня акклиматизации, соответствующей одежды, наличия припасов и снаряжения, а также присутствия гида-проводника.

В Ямунотри есть три горячих серных источника.