После окончания битвы лорды Уорик, Марч и Фоконберг приблизились к королевской палатке, где обнаружили одиноко сидящего короля, который не принимал активного участия в сражении и не пытался бежать. Взяв с собой Генри VI, они отправились в Нортхемптон, а затем выехали в Лондон, где короля торжественно встретили горожане и духовенство. Как и в 1455 году после битвы при Сент-Олбенсе, его сначала поселили в доме епископа Лондонского, а затем перевели в Элтем и Гринвич, чтобы он мог развлекаться охотой до начала заседания Парламента.

Однако в сражении при Нортхемптоне не участвовали главные противники йоркистов — Генри Бофорт герцог Сомерсетский, Джеймс Батлер граф Уилтширский, Генри Перси граф Нортумберлендский, Джон де Клиффорд лорд де Клиффорд и Джон Невилл 1-й лорд Невилл. Королева и юный принц Уэльский находились в Эклсхолле, в Стаффордшире. Получив известие о разгроме своих сторонников, они бежали в Честер. Некий Джон Клегер, слуга лорда Стэнли, попытался перехватить их по дороге, но беглецам удалось ускользнуть, хотя при этом пришлось бросить все вещи и драгоценности. Королева с сыном нашла пристанище в Уэльсе, в замке Денби у Джаспера Тюдора графа Пембрукского. Там они оставались всю осень, собирая своих сторонников — ланкастрианских лордов, среди которых был герцог Эксетерский. В конце года Маргарита отправилась в Шотландию, где была тепло принята королевской семьей. Королева не погнушалась пообещать шотландцам город и крепость Берик в обмен на помощь против йоркистов.